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La ricerca bibliografica per la tesi (4.edizione)

Aperte le iscrizioni alla quarta edizione del corso La ricerca bibliografica per la tesi che si svolgerà venerdì 5 ottobre 2007 dalle ore 10 alle 12 nell’aula conferenze del Dipartimento

Durante il corso parleremo di:

• banche dati (non c’è solo PubMed!)
• richiesta di articoli non disponibili presso il Politecnico

Presentano: Valeria Baudo e Pietro Gozetti

Iscrizioni entro il 4 ottobre via mail a bioingegneria@mail.biblio.polimi.it indicando nel campo oggetto “Iscrizione corso 5 ottobre” oppure compilando il modulo sottostante

Al momento dell’iscrizione bisogna indicare:

Cognome-Nome-Mail-Argomento indicativo di tesi-Relatore-se tesista di Triennale o Specialisitca

				

Nome(obbligatorio)

	

				

E-mail(obbligatorio)

	

				

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Cercare immagini biomediche con Bio Text

Cerchi un’immagine da inserire nella tesi? Qualche grafico per la tua presentazione ma che sia di qualità? Non ne puoi più di scansionare articoli (e col copyright come la mettiamo?)

A Berkeley hanno studiato un nuovo motore di ricerca basato sui contenuti open access di PubMed central

Si chiama BioText Search Engine

It is part of the text mining BioText project, and goes beyond the abstract searching in MEDLINE seen previously to extend searching to the figure legends of Open Access journals in PubMed Central.

La notizia è davvero interessante e l’applicazione utilissima.

Ricordati che, anche se la risorsa è gratuita, per evitare il plagio devi sempre citare la fonte da cui è stata tratta.

Per saperne di più vedi:

• Note tecniche http://biosearch.berkeley.edu/?action=about

• BioText Search Engine: beyond abstract searchMarti A. Hearst, Anna Divoli, Harendra Guturu, Alex Ksikes, Preslav Nakov, Michael A. Wooldridge and Jerry Ye Bioinformatics 2007; doi: 10.1093/bioinformatics/btm301 (PDF)

• Exploring the efficacy of caption search for bioscience journal search interfaces
  Marti A. Hearst, Anna Divoli, Jerry Ye and Michael A. Wooldridge
  Paper at ACL 2007 Workshop on BioNLP, Prague, Czech Republic (PDF)
• Showing Figures and Captions in the Biotext Journal Search Engine
  Marti A. Hearst, Michael A. Wooldridge, Jerry Ye and Anna Divoli
  PLoS Poster at ISMB/ECCB 2007, Vienna, Austria

WorldWideScience:un nuovo portale scientifico

Nasce WorldWideScience, portale che contiene più di 200 milioni di documenti

The WorldWideScience.org portal was jointly developed by the British Library and US Department of Energy (DOE), along with science and technology organisations in Denmark, France, Germany, the Netherlands, Australia, Brazil, Canada and Japan.

Using federated search technology, the website provides a single entry point for searching in parallel a number of science portals, which are not easily accessible through commercial search engines. The portal will rely on scientific resources published by each participating country.

Una sola ricerca…tanti risultati. Si tratta di un metamotore che ricerca al momento in 16 fonti Article@INIST (France)
Australian Antartic Data Centre (Australia)
Canada Institute for Scientific and Technical Information (Canada)
Defence Research and Development Canada (Canada)
DEFF Global E Prints (Denmark)
DEFF Research Database (Denmark)
Electronic Table of Contents (ETOC) (United Kingdom)
J-EAST (Japan)
J-STAGE (Japan)J-STORE (Japan)
Journal@rchive (Japan)
NARCIS (Netherlands)
Science.gov (United States)
Scientific Electronic Library Online (Brazil)
UK PubMed Central (United Kingdom)
Vascoda (Germany)

I database coi Feed RSS

Qualcuno ha fatto il lavoro che volevamo fare noi da un po’ (e sempre abbiamo rimandato), ma questo è il bello della conoscenza condivisa

Segnaliamo la lista dei database che offrono feed RSS creata dalla Università del Wisconsin

http://www.library.wisc.edu/alerts/rss-alert-guides.html

[Via: RSS4lib]

Pubblicato l’impact factor del 2006

Disponibile sulla banca dati Journal of citation reports l’Impact factor del 2006.

Per i sottoscrittori la banca dati è disponibile qui

Per approfondire:

• Indicatori bibliometrici (ppt)

Post correlati:

• Pubblicato l’impact factor delle riviste BioMed Central
• Eigenfactor ovvero il ranking dei periodici all’epoca di Google
• Cassetta degli attrezzi: calcolare l’impact factor

JSTOR: una nuova banca dati

E’ disponibile presso il Politecnico (accessibile da casa tramite proxy server) la banca dati JSTOR.

Si tratta di una banca dati un po’ particolare. Infatti è una raccolta di giornali elettronici ma senza l’accesso agli ultimi anni della rivista. Scopo di JSTOR è quello di conservare in maniera digitalizzata i periodici; infatti di alcune riviste sono disponibili i primissimi numeri a partire addirittura dal 1600.

La banca dati comprende spogli e articoli a testo intero di periodici a cura di Journal Storage Project, iniziativa senza fini di lucro della fondazione americana Andrew W. Mello.

Sono disponibili in abbonamento presso il Politecnico 3 collezioni: Arts & Sciences III (questi i Periodici Elettronici contenuti), Business (questi i Periodici Elettronici ) e Mathematics & Statistics (che contiene questi Periodici Elettronici)

I pdf disponibili non permettono il taglia e incolla, perchè (dal sito dell’editore)

Dato che le riviste vengono scannerizzate, vengono creati sia un file d’immagine sia un file ASCII (di testo). Quello che si vede é un’immagine scannerizzata, che é una copia della pagina originale della rivista. Il file ASCII non compare ma viene usato per facilitare la ricerca a tutto testo. Nel convertire milioni di pagine di informazioni, non é possibile portare la qualitá del testo ASCII ad uno standard accettabile. Per discussioni piú dettagliate su questo argomento é possibile consultare “Perché immagini?” presso il sito web http://www.jstor.org/about/images.html.

Per saperne di più:

• Il progetto
• I tutorials

Tutorial:combinare le ricerche in PubMed

Combinare le ricerche in Pubmed è facile usando la funzione History.

Ecco un utlissimo tutorial animato (in inglese)

Eigenfactor ovvero il ranking dei periodici all’epoca di Google

L’Impact factor è un indicatore che sta assumendo sempre maggiore importanza (e sta anche snaturando la sua natura inziale), ma il fronte di coloro che, giustamente, muovono critiche si va allargando sempre di più.

Per questo motivo guardiamo con interesse a questa iniziativa della Università di Washington: EIGENFACTOR.ORG http://www.eigenfactor.org/index.php

Il database comprende riviste scientifiche (ISI e non ISI), tesi di dottorato, ma anche giornali e riviste “leggere” (vedi nella quick top Ten la sezione top five magazines you might find on an airplane)

Si basa, per il ranking, su un algoritmo simile a quello di Google

Applica dei correttivi al “peso” delle citazioni.

Different disciplines have different standards for citation and different time scales on which citations occur. The average article in a leading cell biology journal might receive 10-30 citations within two years; the average article in leading mathematics journal would do very well to receive 2 citations over the same period. By using the whole citation network, Eigenfactor automatically accounts for these differences and allows better comparison across research areas.

Si basa su un periodo temporale diverso e più ampio rispetto a quello calcolato dalla ISI (5 anni invece di 2 per le citazioni ricevute), perchè tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni più tardi rispetto a altre

Immagini tratte dal sito (cliccare per ingrandire)

E’ utile alle biblioteche perchè fornisce informazioni sull’effettivo costo di un articolo tramite Journal Prices http://www.journalprices.com/

Attualmente comprende più di 7000 giornali scientifici e oltre 110mila items comprese tesi e popular magazines

Sui metodi di ranking usati vedi http://www.eigenfactor.org/methods.htm

Gli indicatori usati sono Article Influence (AI): a measure of a journal’s prestige based on per article citations and comparable to Impact Factor.
Eigenfactor (EF): A measure of the overall value provided by all of the articles published in a given journal in a year

Post correlati: Calcolare l’Impact factor

Per approfondire: Rossana Moriello, “L’indice di Hirsch (h-index) e altri indici citazionali dopo l’impact factor”, Biblioteche Oggi, 25 (1), pp.23-31 (disponibile in biblioteca)

“Eigenfactor.” American Library Association. 2007.
http://www.ala.org/ala/acrl/acrlpubs/crlnews/backissues2007/may07/Eigenfactor.htm (Accessed 27 Jun, 2007)

[Via: LibLicense]

Relemed: un nuovo PubMed

Avevo da qualche giorno in bozza l’articolo su Relemed, di cui si è dibattuto nelle liste di discussione dei bibliotecari. Mi ha preceduto il collega del blog The Krafty Librarian e io mi limito a segnalarvi il suo bel post che vi guiderà alla scoperta di questo nuovo strumento

Post correlati: Hubmed: l’alternativa amichevole a PubMed

Per approfondire: Relemed: sentence-level search engine with relevance score for the MEDLINE database of biomedical articles

Pathway Interaction Database

Trale risorse utili oggi segnaliamo il Pathway Interaction Database

The Pathway Interaction Database is an authoritative, peer-reviewed collection of information about biomolecular interactions that occur in human cellular signaling pathways. Created in a collaboration between the U.S. National Cancer Institute and NPG, the database is aimed at cell biologists, biochemists, computational biologists and bioinformaticians. It offers a range of intuitive tools to allow users to easily search, view and download data, and complex queries can be created to further explore the database. A concise editorial section provides synopses of recent important research articles and specially commissioned articles on the practical use of other relevant online tools.

Per iniziare a usarlo: An Introduction to the NCI-Nature Pathway Interaction Database

Engineering Village: folksonomy e taxonomy

Engineering Village (per gli utenti di Polimi è disponibile qui) introduce una funzionalità di social bookmarking o, per essere più precisi, di collaborative tagging.

Questi sistemi, tipici del Web 2.0, si basano sulla collaborazione dell’utente che viene chiamato a indicizzare un contenuto: questa tassonomia generata “dal basso”, ovvero da chi legge si chiama folksonomy. Si tratta di un approccio che sfrutta la capacità dei singoli di produrre conoscenza. Sistemi di questo tipo sono, ad esempio, Connotea o Flickr per le immagini o Slideshare che danno all’utente la possibilità di generare parole chiave ovvero tag per descrivere il contenuto; ovviamente questo non è privo di problemi, soprattutto in relazione al rumore che si genera.

Per questo, per le ricerche bibliografiche ci si è sempre affidati a strumenti quali i thesaurus delle banche dati, cioè un vocabolario controllato di termini accettati. L’indicizzatore legge il contributo e lo indicizza cioè assegna dei termini per descrivere l’aspetto semantico del documento. In questo caso i termini non sono liberi, ma devono essere scelti sulla base di un dizionario di termini controllati. Esempi di questi dizionari, presenti in quasi tutte le banche dati, sono i MeSH di PubMed, gli Emtree Terms di Embase e, in Engineering Village, il thesaurus (si chiama proprio così, col termine generico).

Ma perchè non provare a fare convivere questo tipo di indicizzazione “classica” con una folksonomy? E’ questo il senso di questa nuova funzionalità di Engineering Village.

Users will be able to tag records for public, private, their institution and for their groups too. We also suggesting terms when you add a tag.

With this release you’ll see some major enhancements for Referex Engineering books too. Finally you don’t need to download the whole book to read a page.

Per aggiungere i tag bisogna essere registrati, noi non ci abbiamo provato perchè, non essendo ingegneri, avremmo potuto apportare uno scarso contributo.

Chi vuole provare?? (clicca sull’immagine per ingrandire)

Per saperne di più e per vedere il programma dei training on line: Really Simple Sidi (RSS)
Immagini da: Really Simple Sidi (RSS)

Per approfondire: Collaborative tagging, folksonomies, distributed classification or ethnoclassification: a literature review / Edith Speller
Library Student Journal, 2 (2007)

[Via: e-contents]

Guide: Refworks e Pubmed

Come importare in Refworks i risultati della ricerca in Pubmed?

Ecco qui, spiegato passo passo

http://www.slideshare.net/bibliobioing/refworks-e-pubmed

Nuove risorse elettroniche disponibili

Prosegue la campagna acquisti del Politecnico di Milano per l’incremento delle risorse elettroniche accessibili (dal campus e da casa attraverso il proxy)

Dopo le nuove Eniclopedie e Dizionari arrivano:

Gli e-journal:

–ASCE collezione di 30 titoli della American Society of Civil Engineers accessibili dal 1993 a oggi

– ASME collezione di 20 titoli della American Society of Mechanical Engineers + Applied Mechanics Reviews accessibili dal 2000 a oggi (tra cui Journal of Biomechanical Engineering)

E gli e-book:

– Lecture Notes in Computer Science

Come fare una revisione sistematica in Embase

Sono state elaborate strategie per condurre una revisione sistematica usando Medline, questo articolo invece propone la startegia per la costruzione di una revisione sistematica in Embase

J Clin Epidemiol. 2007 Jan;60(1):29-33. Epub 2006 Jul 20.

EMBASE search strategies achieved high sensitivity and specificity for retrieving methodologically sound systematic reviews.

Wilczynski NL, Haynes RB; Hedges Team.

OBJECTIVES: Systematic reviews of the literature are instrumental for bridging research to health care practice and are widely available through databases such as MEDLINE and EMBASE. Search strategies have been developed to aid users in MEDLINE, but no empirical work has been done for EMBASE. The objective of this study was to develop search strategies that optimize the retrieval of methodologically sound systematic reviews from EMBASE. STUDY DESIGN AND SETTING: An analytic survey was conducted, comparing hand searches of 55 journals with retrievals from EMBASE for 4,843 candidate search terms and 17,004 combinations. Candidate search strategies were run in EMBASE, the retrievals being compared with the hand search data. The sensitivity, specificity, precision, and accuracy of the search strategies were calculated. RESULTS: Two hundred twenty (16.2%) of the 1,354 articles classified as a review met basic criteria for scientific merit. Combinations of search terms reached peak sensitivities of 94.6% with specificity at 63.7%, whereas combinations of search terms to optimize specificity reached peak specificities of 99.3% with sensitivity at 61.4%. CONCLUSION: Empirically derived search strategies can achieve high sensitivity and specificity for retrieving methodologically sound systematic reviews from EMBASE.

Per gli utenti di Polimi l’articolo è disponibile qui